Родился 11 января 1972 года в городе Апатиты Мурманской области.
В 1995 году окончил факультет журналистики МГУ им. М.В. Ломоносова, в течение полутора лет стажировался в Мичиганском государственном университете. Еще во время учебы проходил практику в отделе культуры газеты «Московские новости», был автором и ведущим программы «Стиль» на радио «Максимум».
С 1992 года Андрей Малахов года делал сюжеты для программы «Воскресенье с Сергеем Алексеевым» (первый канал «Останкино»), озвучивал и писал авторские тексты для рубрики «Погода на планете». С 1995 года — штатный редактор международной информации программы «Утро», автор и ведущий рубрики «Стиль». Был корреспондентом, затем специальным корреспондентом Дирекции информационных программ ОРТ.
С 1996 года Андрей Малахов специальный корреспондент и ведущий телеканала «Доброе утро». В 1998 году поступил но юридический факультет Российского государственного гуманитарного университета (РГГУ). Признан «самым стильным телеведущим» по опросу телезрителей за первое полугодие 1998 года.
С 2001 по 2004 год Андрей Малахов был ведущим передачи «Большая стирка».
С 2004 по 2005 год — ведущим передачи «Пять вечеров». В 2005 году Андрей Малахов начал вести ток-шоу «Пусть говорят» на Первом канале.
Помимо этого, Андрей Малахов принимает участие в качестве ведущего в различных музыкальных концертах, церемониях вручения музыкальных наград. Кроме того, ведёт вместе с Аллой Довлатовой на «Русском радио» программу «Золотой граммофон».